В 1917‒1918 годах владыка Нестор участвовал в Московском Всероссийском Поместном Соборе и избрании святителя Тихона патриархом Русской Православной Церкви. Во время октябрьского переворота и последовавших боев в Москве он оказывал помощь раненым на московских улицах.

По благословению Собора владыка Нестор издал пронзительно трагическую книгу «Расстрел Московского Кремля», признанную важнейшим документом эпохи. Владыка с болью писал, что обстрел Кремля был преднамеренным — пострадали все до одного храмы и Патриаршая ризница. Этот обстрел являлся также совершенно неоправданным — несколько десятков находившихся в Кремле юнкеров и офицеров не могли оказать большевикам значительного сопротивления.

Владыка свидетельствовал: «После долгого ожидания на улице в комиссариат был пропущен только один митрополит Платон, которому и было обещано, как он сообщил Собору, сохранить в целости Кремль и объявлено, что стрельба в этот же день будет прекращена и что переговоры об этом уже ведутся. Несмотря на обещание, именно в ночь со второго на третье ноября священный Кремль подвергся жестокому обстрелу и разгрому со стороны большевиков. Узнав об этом, третьего же ноября я со священником Чернявским отправился в Кремль. Нас пропустили в Спасские ворота. Прежде всего мы по пути зашли в женский Вознесенский монастырь. Здесь уже было полное разрушение…»

Епископ Нестор восклицал: «Чувство невыразимой тоски и поистине неизглаголанного горя охватывает вас при виде этих разрушений и ужаса, и чем вы углубляетесь дальше в осмотр поруганной святыни, тем эта боль становится сильнее и сильнее. С не поддающимся описанию волнением вы переступаете ограду на каменную площадь к великому Успенскому собору и видите огромные лужи крови с плавающими в ней человеческими мозгами. Следы крови чьей-то дерзкой ногой разнесены по всей этой площади… Успенский собор расстрелян… Православные! Не щемит ли ваше сердце зияющая перед вами эта черная рана твоей родной святыни, разбитая глава твоего великого собора? Не стыдно ли вам за вашу Родину, когда вы слышите, как стоящий в толпе перед развалинами кремлевских святынь чужестранец, серый китаец, изумленно глядит на развалины и бормочет: «Русский нехороший, худой человек, потому что стреляет в своего Бога!»

Владыка призывал: «Пусть этот ужас злодеяния над Кремлем заставит опомниться весь русский народ и понять, что такими способами не создается счастье народное, а вконец разрушается сама когда-то великая и святая Русь».

Епископ Нестор свидетельствовал также об обстановке в революционной Москве: «Но вот я уже на боевом фронте мирной Москвы. Небольшая группа солдат, вооруженных винтовками, смело подходит ко мне и допрашивает меня: кто я такой, к какой принадлежу партии, нет ли при мне оружия. Потребовали мой документ о моей личности, осмотрели мою сумку, в которой было походное, соответствующее пастырю одеяние и перевязочный материал. Эти солдаты с площадной руганью обыскали меня и, ничего не найдя, отпустили… В районе Пречистенки и Остоженки я попал уже под перекрестный огонь, уносивший много жертв, и я решил обслуживать этот район. Здесь же на улицах среди раненых и убитых я находил учащихся подростков, женщин, солдат и даже раненую сестру милосердия. Здесь я имел возможность принести посильную помощь несчастным жертвам. В одном из проулков я снова столкнулся с вооруженной командой в пять человек, и один из них по команде солдата: “Вон идут люди, стреляй!” — уже нацелился из револьвера по проулку, но мгновенно на мой резкий окрик: “Не стреляй, там мирные обыватели!” — опустил револьвер и подбежал ко мне с допросом. Если бы мне не удалось удержать своим окриком руку этого ожесточенного человека, искавшего кого-либо убить, то неизбежно пал бы еще одной невинной жертвой какой-то мирный обыватель».

В воскресенье 28 января 1918 года владыка Нестор принял участие в крестном ходе на Красную площадь для всенародного покаянного моления об избавлении Православной Церкви от воздвигнутого на нее гонения. Накануне вечером в храмах было оглашено принятое Поместным Собором воззвание, призывавшее верующих «жизнь свою положить за спасение Церкви Православной и бесстрашно идти на свою Голгофу».

Утром в московских храмах совершались ранние литургии, люди шли на исповедь, готовясь к предстоящему крестному ходу, как к подвигу, приобщались Святых Таин. На улицы вышло до пятисот тысяч человек. По окончании молебна на Красной площади патриарх Тихон совершил краткий молебен перед Иверской иконой Божией Матери.

В этот же период владыка становится вдохновителем и организатором единственной искренней попытки спасения царской семьи. Попытка оказалась неудачной, поскольку в сложную цепь этой операции прокрался провокатор. Сам владыка в своих воспоминаниях об этом никогда не писал, а в частных беседах ограничивался лаконичным: «Было — не получилось».

***

Монахиня Сергия (Клименко; 1901‒1994) написала книгу воспоминаний «Минувшее развертывает свиток», в которой рассказала о чудесном явлении великой княгини Елисаветы Федоровны митрополиту Нестору во время литургии. Святая великомученица княгиня Елисавета была замучена в Алапаевске большевиками и брошена в шахту вместе со своей верной келейницей инокиней Варварой и великими князьями, откуда их извлекли пришедшие белые войска.

Но владыка не верит: “Я видел ее живую!..”

Мать Сергия вспоминала: «Этот рассказ я слышала от нашей монахини Серафимы (Резон), урожденной Чичаговой. Она же слышала его из уст самого митрополита Нестора. Большой подвиг совершил митрополит Нестор. Был среди оспенных больных, среди прокаженных, лечил их, крестил, просвещал. И вот за этот подвиг ему было дано такое видение. Приблизительно в 1920 году митрополит Нестор приехал в Читу, город на границе с Китаем, чтобы оттуда эмигрировать. Он служил на родине последнюю литургию в соборе, где тайно, под спудом, были погребены тела алапаевских мучеников. Но об этом никто, кроме настоятеля, не знал. Во время совершения малого входа все священнослужители выходят из алтаря на середину храма с Евангелием, свечами, дикирием, трикирием, рипидами. Митрополит Нестор стоит посредине храма на приготовленном для него амвоне. В это время владыка видит, как из левого придела, живая, выходит Елизавета Федоровна. Молится пред алтарем и последней подходит к нему. Он ее благословляет. Все переглядываются. Кого он благословляет? Пустое место? Никто ничего не видит. “Владыка, малый вход!” Но владыка Нестор никого не слышит. Радостный, сияющий, он входит в алтарь. В конце обедни говорит настоятелю: “Что же ты скрываешь? Елизавета Федоровна жива! Все неправда!” Тогда настоятель заплакал. “Какой там жива! Она лежит под спудом. Там восемь гробов”. Но владыка не верит: “Я видел ее живую!..”»

Это чудесное явление глубоко поразило владыку. До 1945 года он на Соборной площади Харбина, прилюдно, а после — тайно совершал ежегодно 17 июля панихиду по убиенной в Екатеринбурге царской семье и алапаевским мученикам.

Николай Сергеевич Георгиевский, иподиакон и келейник владыки, организатор и первый регент патриаршего хора храма Христа Спасителя, рассказывал: «В Харбине владыка Нестор встречал и провожал мощи великой княгини Елисаветы Федоровны и инокини Варвары. Сопровождающий их из Алапаевска игумен Серафим (Кузнецов) (тоже святой человек, по словам владыки) вез мощи в Иерусалим, где хотела быть упокоенной великая княгиня Елисавета… Владыка рассказал мне, что великая княгиня была совершенно нетленна, и от нее [исходил] неземной аромат. “Так Господь прославляет святыя Своя, — сказал он мне, изумленно подняв глаза к небу. — Я, конечно, торжественно совершил панихиду и помог им отправиться дальше, в Иерусалим. Всех коснулось тление – одна великая княгиня благоухала, как дивный цветок”, — говорил он, подавляя рыдания».